Hon var den näst äldsta av 11 barn och syster till professor och utbildningsreformerare Anders Oskar Stenkul. Hon tillbringade en del av sin barndom som adoptivbarn till sin morfar, som var kyrkoherde. Hon har aldrig varit gift.
Som person beskrivs hon som en strikt men skicklig pedagog som har ägnat sitt liv åt sina pedagogiska ambitioner. Stenkula hade pedagogiska ambitioner i ett tidigt skede och ville bli utbildad lärare snarare än att försörja sig som guvernant utan formell utbildning, vilket var vanligast. Hon är utbildad på Flickor Statens Normalskola För I och Högre Lärarinneseminariet, där hon utexaminerades från Malmö [Redigera], hon och hennes klasskamrat Elin Lannerqvist och grundade en skola för flickor i Malmö, Maria Stenkulas Skola som heter Freken Maria Stenkulas Hegr Elementarskola För Fliktor, liksom i Malmö Hegr Laroverk För.
Hon var deras huvudlärare och var också lärare i tyska och kyrkohistoria. Elin Lannerquist gifte sig och lämnade skolan där hon var dotter till militärkirurgen och läkaren Zachary Fredrik Agathon Stenkul och Hedwig Margareta, som bodde i Helsingborg. Hon var det andra barnet av 13 syskon. Maria Stenkula tillbringade sina första år på Farhults prästgård nära Helsingborg, där hennes farbror var kyrkoherde.
När hon var sex år gick hon på en kommunal skola i Helsingborg, där hennes moster Margareta Okerman var hennes lärare. Skolmiljön och inlärningsprocessen hade en djupgående inverkan på Maria Stenkula, och hon upptäckte snabbt att lärande var hennes kallelse.
Det fanns andra lärare i hennes familj, både på hennes mors sida och på hennes fars sida. Maria Stenkula ansökte om att få delta i den avancerade lärarutbildningen i Stockholm, som vid den tiden var en av få platser för avancerad utbildning för kvinnor i Sverige. Hon återvände till Skåne med sin medstudent Elin Lannerquist. Elin Lannerquist gifte sig, och detta lämnade Maria Stenkula ensam ansvarig som guvernör för sin skola.
Skolan bytte namn till Malm -- h -- gre -- l -- roverk f -- r -- avancerade Skolan för flickor, flyttade till nya lokaler och förvandlades till ett aktiebolag.
Under det första läsåret efter dessa förändringar registrerade skolan elever som hade en treårig förberedande skola och en grundskola med fyra tvååriga klasser. Det fanns 15 kvinnor och fyra manliga lärare på skolan.